A Igreja Batista Cristã Missionária começou a ser organizada em 1992 pelo presbítero Sérgio Maciel da Igreja Cristã Renovada de Bauru. Permaneceu como congregação desta até 1º de dezembro de 2002, quando se tornou autônoma e independente. Nesse ato passou a se denominar Igreja Cristã Missionária. Mais tarde, aos 19 de dezembro de 2004, solicitou à Convenção Batista Nacional do Estado de São Paulo, sua filiação. Processo esse findado em 3 de fevereiro de 2006.
Como uma borboleta se livrando de seu casulo, assim foi o nascer dessa igreja. Precisou lutar para se desprender do passado onde tentava retornar a uma posição perdida. Mas o Senhor trouxe uma nova visão de si mesma, libertando-a assim do seu apego àquilo que já não lhe pertencia mais.
Nos meses de junho e julho de 1992, o presbítero Sérgio Maciel trouxe uma palavra libertadora ao grupo que já se reunia na Rua Rodrigues Alves, 141. Em 7 de novembro do mesmo ano, ele reuniu 22 irmãos para constituir oficialmente a igreja.
Foi dirigida oficialmente pelo pastor Rodolfo Belline entre 1995 e 1997, e desde 1998 até 2007 pelo pastor Celso Luís Santos Fonseca, juntamente com sua esposa, a missionária Andreia e seus filhos Daniel e Samuel. Posteriormente dirigida pelo Pr. David Higino De Nigris e sua esposa, Diaconisa Eliana Nigris, no período entre 2008 e 2019. Atualmente seu presidente Missionário Celso Luis dos Santos Fonseca divide seu tempo e ministério entre a obra missionária na África e a igreja local onde dirige juntamente com a Equipe Pastoral e o Conselho Eclesiástico.
Reconhece Atos 1:8 como missão primordial da igreja de Nosso Senhor Jesus Cristo. Enfim a IBCM é uma igreja, onde cada membro tem o seu valor e espaço no ministério, mas sem esquecer que o nosso Deus é Santo e nos leva também a sermos santos. A Ele seja a glória para sempre! Amém!